Вы всё сделали правильно. Теперь нужно создать профайл пользователя.
Кроме криптоключа, для работы с этими программами ещё нужен профайл. В нём указываются данные предприятия и права пользователя. Обычно, профайл создают в налоговом комитете при записи ключа Вам. Но, его можно создать самим.
В открывшемся окне (сообщение 31) выбираем "Администрирование". В этом окне (Администрирование пользователей) выбираем "Новый" (находится в нижней части окна). Открывается ещё одно окно, где предлагается ввести данные и права пользователя.
В поле "РНН пользователя" вводим свой РНН.
В поле "ФИО пользователя или наименование предприятия" вводим своё наименование. Например: Ivanov или TOO_Buben.
В поле "Логин пользователя" пишем свой логин, обычно по наименованию предприятия. Можно повторить свое название 
В поле "Пароль для запуска Терминала" ставим пароль, которым мы потом будем открывать эти программы.
Устанавливаем права пользователя, отметив все три предложенных пункта (Ввод ФНО, Отправка ФНО, Удаление и архивирование документов).
Нажимаем "Принять". На вопрос "Сохранить в профайл внесенные изменения?" отвечаем "ОК", указываем папку с нашим ключем (можно сохранить в любое место на компьютере, но удобнее, когда и ключ и профайл лежат вместе), нажимаем "ОК".
После сообщения, что профайл сохранён, мы видим знакомое окно с предложением ввести данные для профайла  . Просто закрываем его, нажав "Закрыть". Дальше нажимаем "Применить" и закрываем ЭФНО.
Запускаем ЭФНО ещё раз, только теперь выбираем созданный нами профайл, вводим пароль и можно работать.
Созданный нами профайл, выбирается и для ИСИД, и для НДС. Профайл создается один для всех налоговых программ.